De agenda van het College van Rijksadviseurs is uitgewerkt in programmalijnen. Met de programmalijnen koppelt het College inzet op projecten aan zijn doelstellingen. Door breed te kijken maar scherp te kiezen, brengen de Rijksadviseurs samenhang en focus in het werk. Zo maken zij met de projecten die zij doen een zo groot mogelijke impact.